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近日,杏彩体育旗舰厅 旗下精准医学与伴随诊断重点实验室、分子医学诊断研究院携手上海交通大学医学院附属瑞金医院,借助于允英自主研发的DNAplus™高效DNA提取技术、AllNGS™精准液相杂交捕获技术Panel-639产品,绘制了中国人群转移性结直肠癌的分子特征图谱,并发现PD-L1表达及通路相关分子亚型在晚期亚洲结直肠癌患者中的临床意义。相关成果以论文“Clinical implications of PD-L1 expression and pathway-related molecular subtypes in advanced Asian colorectal cancer patients”发布于SCI杂志American Journal of Cancer Research (IF=5.3,PMID: PMC10915335),论文通讯作者为上海交通大学医学院附属瑞金医院王明亮教授、杏彩体育旗舰厅 CEO张道允博士及杏彩体育旗舰厅 研发总监巩子英博士1。
本研究队列由752名晚期结肠癌患者组成。入组患者均提供了经福尔马林固定的石蜡包埋组织及配对血液样本,并使用AllNGS™ Panel-639进行了肿瘤发生、发展及用药相关的639个基因(详见产品简介)的外显子及部分内含子靶向测序。数据经过胚系等条件的筛选过滤,共报告了14663个基因突变。为了更深入地了解PD-L1状态对基因突变谱的影响,我们根据PD-L1的表达水平将患者分为两组:PD-L1阳性组(TPS ≥1)和PD-L1阴性组(TPS<1)。通过对比分析这两组的基因突变数据,我们发现无论是PD-L1阳性还是阴性组,前10个最常突变都包括TP53、KRAS、APC、PIK3CA、LRP1B、KMT2C、FAT1和FBXW7(8/10)(图1A-B)。如图1C和D所示,突变共发生在 PD-L1 阴性组中更为常见。BRAF与KRAS或APC之间的相互排斥不受PD-L1分组的影响,而KRAS与TP53之间的相互排斥在PD-L1阳性组中被削弱。
图1. PD-L1阳型和弱阳性组肺麟癌结肠道癌的基因组突变观景图及基因组互作分折图。
进一步深入探究,我们发现了PD-L1表达状态对肿瘤信号通路的影响。其中,RTK/RAS信号通路与PD-L1的阳性表达展现出正相关性,相反地,Wnt和p53信号通路则与PD-L1表达呈现负相关性(如图2A所示)。在对比不同组别的突变情况时,我们观察到KRAS和BRAF突变在PD-L1阳性表达组患者中显著聚集,而APC和TP53突变则主要在PD-L1阴性表达组患者中集中出现。这一发现为我们之前观察到的通路差异提供了进一步的解释和支撑(如图2B和C所示)。
图2.依据PD-L1描述组群的癌肿无线信号信号通路及人类基因文化差异定性分析。
我们进一步分析了这些差异基因的突变位点分布,结果发现BRAF V600E,KRAS G12和KRAS G13突变在PD-L1阳性表达组患者中显著发生,而APC C端突变(具体分组参考本司已合作发表的论文2)和TP53其它失活突变在PD-L1阴性表达组患者中显著发生(图3)。
图3. PD-L1把你想表达出来相关联性别一定的差异染色体的突变率位点分布点速度性别一定的差异进行分析
鉴于TMB(肿瘤突变负荷)和MSI(微卫星不稳定性)均已被批准作为免疫治疗的生物标志物,我们深入探究了在PD-L1阳性和阴性患者队列中,重要基因亚型内TMB和MSI的分布情况。在PD-L1阳性队列中,KRAS其他突变(G12和G13以外)有着更高比例高TMB值。在PD-L1 阴性患者中,TP53野生型和携带APC非N端和C端突变、BRAF非V600E突变、KRAS其它突变 和KRAS G13 突变的患者,有着更高比例高TMB值或MSI不稳定性。
图4. PD-L1阳型和弱阳性爱美者不同于原子亚型的TMB和MSI分散
参考资料:
1. Qiu, Q., Tan, D., Chen, Q., Zhou, R., Zhao, X., Wen, W., Yang, P., Li, J., Gong, Z., Zhang, D., & Wang, M. (2024). Clinical implications of PD-L1 expression and pathway-related molecular subtypes in advanced Asian colorectal cancer patients. American journal of cancer research, 14(2), 796–808.; PMCID: PMC10915335
2. Peng, H., Ying, J., Zang, J., Lu, H., Zhao, X., Yang, P., Wang, X., Li, J., Gong, Z., Zhang, D., & Wang, Z. (2023). Specific Mutations in APC, with Prognostic Implications in Metastatic Colorectal Cancer. Cancer research and treatment, 10.4143/crt.2023.415. Advance online publication. //doi.org/10.4143/crt.2023.415
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